Die unterschiedlichen Darstellungen auf einen Blick

# Die unterschiedlichen Darstellungsarten auf einen Blick

### Draht-Model (Beispiel)

Im Draht-Model werden alle chemischen Bindungen zwischen den Atomen der Aminosäuren als Drähte gezeigt. Dadurch entsteht ein besserer Eindruck von der Komplexität der Proteinstruktur und wie viel Platz im Raum sie einnimmt. Allerdings sind so Elemente der Sekundärstruktur wie Helices oder Faltblätter oder aber auch genauere strukturelle Details schwer zu erkennen.

### Stäbchen-Model (Beispiel)

Siehe Draht-Model. Im Stäbchen-Model wird die Darstellung wegen massiverer Bindungsdarstellung kompakter als beim Draht-Model.

### Kugel-Stab-Model (Beispiel)

Bei dieser Darstellung wird neben der chemischen Bindungen jedes Atom durch eine Kugel symbolisiert, so dass ein Eindruck der Masseverteilung innerhalb des Moleküls entsteht.

### Van-der-Waals-Model (Beispiel)

Zwischen Atomen und Molekülen bestehen unterschiedliche Wechselwirkungen. Eine davon sind die sogenannten Van-der-Waals-Kräfte. Je nach Größe der Atome oder Moleküle, und dem Abstand in dem sie sich zueinander befinden, sind diese Kräfte unterschiedliche stark.

Im Van-der-Waals-Model werden alle Atome anhand ihres sogenannten Van-der-Waals-Radius dargestellt. Als Van-der-Waals-Radius eines Atoms bezeichnet man den Radius einer gedachten harten Kugel, welche als Modell für das Atomverhalten herangezogen wird. Van-der-Waals-Radien werden durch die Abstände nichtverbundener Atompaare in Kristallen ermittelt.

### SAS-Model (Beispiel)

SAS steht für solvent accessible surface und bezeichnet die Oberfläche eines Moleküls, die für Wasser und andere Flüssigkeiten zugänglich ist.

(Quelle: Wikipedia)

Zur Berechnung einer solchen Darstellung wird eine Kugel einer bestimmten Größe um die Van-der-Waals-Oberflüche des Proteins (siehe Van-der-Waals-Model) gerollt und die neue Oberflüche ergibt sich aus den Positionen des Mittelpunkts der Kugel.

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