Để tắt hệ thống Debian GNU/Linux đang chạy, bạn không nên khởi động lại bằng cái nút đặt lại trên mặt hoặc về sau máy tính, hoặc đơn giản tắt điện. Hệ thống Debian GNU/Linux nên được tắt bằng cách được điều khiển, không thì tập tin có thể bị mất và/hoặc đĩa bị hỏng. Nếu bạn chạy môi trường ở trên (v.d. GNOME, KDE, Xfce), thường có tùy chọn “Đăng xuất” nằm trong trình đơn ứng dụng mà cho bạn có khả năng tắt (hoặc khởi động lại) hệ thống.